El Archivo General de la Nación del Perú fue creado el 15 de mayo de 1861 por el Mariscal Ramón Castilla, siendo su primer director Don Santiago Távara y su primer local el de la Biblioteca Nacional del Perú. En sus inicios, los fondos documentales que formaban parte del Archivo Nacional estaban constituidos por los archivos de la Contaduría General de Rentas Estancadas, Temporalidades, Correos y del Tribunal de Minería; posteriormente en 1890, la institución recibe documentación de Cajas Reales, Aduanas y de Real Hacienda; que se hallaban depositados antes en el Ministerio de Hacienda.

En el año 1972, por decreto ley Nº 19268 del 11 de enero, el Archivo Nacional cambia de denominación, siendo en lo sucesivo el Archivo General de la Nación.

Mediante D.L. Nº 117 del 12 de Junio de 1981 se aprueba la Ley Orgánica del Ministerio de Justicia, donde el Archivo General de la Nación (AGN) se convierte en Organismo Público Descentralizado (OPD) del Ministerio de Justicia.

El 11 de junio de 1991, mediante Ley 25323, se crea el Sistema Nacional de Archivos (SNA), instituyéndose al AGN como ente rector del mismo.

El Archivo General de la Nación cuenta en la actualidad con dos órganos de línea:

-Dirección Nacional de Desarrollo Archivístico y Archivo Intermedio; conformado a su vez por la Dirección de Archivo Notarial Judicial, la Dirección de Archivo Públicos y la Dirección de Normas Archivísticas.

-Dirección Nacional de Archivo Histórico; conformado por la Dirección de Archivo Colonial, la Dirección de Archivo Republicano y la Dirección de Conservación.

Además, cuenta con un órgano desconcentrado que es la Escuela Nacional de Archiveros (ENA) encargada de la capacitación y la enseñanza de la archivística en el país.

Entre los notables directores que la institución ha tenido se encuentra Don Guillermo Durand Flórez; llamado "El Padre de la Archivística Peruana" (1972-1983), por su loable labor en pro de la archivística y del Patrimonio Documental de la Nación. Asimismo personalidades como el Dr. Horacio Urteaga, el Dr. Guillermo Lohmann Villena y el Arch. César Gutiérrez. Actualmente desempeña la jefatura institucional el Dr. Lizardo Pasquel Cobos.